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二是一个单位两种保障制度的问题客观存在。由撤乡并镇派生的“一个单位两种保障制度”问题一直未解决，已成为卫生系统不稳定因素。原来的区卫生院是全民所有制性质，职工参加的是机关事业保险，乡卫生院是集体所有制性质，职工只能参加社会保险，在撤并乡(镇)的过程中，将被撤乡卫生院的职工合并到中心卫生院后，在乡(镇)卫生院被明确为公益性事业单位的同时，其社会保障制度却没有作相应调整，就形成了一个单位两种保险制度。这些年，参加社会保险的退休职工的待遇与同级别、同工种参加机关事业保险的退休人员相比差距较大，这类职工死亡后，其抚恤金和遗属生活补助等均得不到落实，现在仍在职的虽然同工作单位，同工作性质，同工作职责，但缴纳的社会保障金却远远高于参加机关事业保险的人员。
三是同工不同酬的矛盾非常突出。我国卫生系统目前在用人上有编内编外(临聘、自聘)之分，在编人员又有全额拨款、差额拨款和自收自支之分，导致医护人员收入分配不公，同工不同酬的矛盾非常突出。
四是卫生部门与食品药品监管部门的职能关系尚未理顺。国家食品药品监督管理局实际上已是卫生部的一个职能部门，而一些地方这两个单位至今仍未合并，工作关系也不曾理顺，因彼此工作职能界定不明确，一些职能设置存在交叉和重叠，一些工作又存在管理真空，甚至彼此之间缺乏必要的合作，给农村医药卫生市场的健康发展带来诸多不利。
五是被撤乡的医药卫生事业出现了倒退。这一问题是农村基层政治体制改革所派生的问题。一些乡的行政建制被撤后，所在乡卫生院虽然卫生职能没有变，工作量没有变，服务半径没有变，服务人口没有变，但与撤并之前和建制乡(镇)卫生院相比，不仅是牌子取了，医务人员走了，而且国家给予的卫生政策也发生了很大的变化。如国债项目明确规定只用于建制乡(镇)，致使目前许多被撤乡卫生院就是危房改造都争取不到资金。按理讲，撤不撤乡与老百姓患不患病没有必然关联，这种卫生政策对非建制乡的老百姓存在歧视性。
六是村级卫生机构医务人员社会属性未明确。具体体现在：①乡村医生工作职能的法律定位不明确。如乡村医生调动工作，在村卫生室工作时限不算工龄，在工作岗位上发生了意外事故不算工伤等等。②乡村医生的隶属关系不明确。乡村医生与政府、卫生行政主管部门、各级公立医疗卫生机构任何一家独立法人单位都不存在劳动合同关系，使乡村医生履行的基本医疗服务与公共卫生服务工作职能一直以来不受《劳动法》保护。③乡村医生身份不明确。乡村医生既是履行医疗卫生职责的农村医务工作者，又是没有脱离承包土地的农民，就是在村卫生室工作的执业(助理)医师，也未摆脱这一“半医半农”的尴尬身份，让乡村医生都不同程度地缺乏对农村卫生事业的职业认同感与归属感。
七是现行补偿机制与农村公共卫生机构举办模式之间存在矛盾。这一问题表现得尤其突出的是村卫生室。迄今为止，国家在体制层面却未曾明晰村卫生室的社会属性和隶属关系，从而导致对村卫生室的财政补偿缺乏相应的政策支持。在补偿机制不完善的情况下，目前村卫生室的主要收入依然是医疗业务收入，这种“以药养医、重治轻防”的办医格局尚未根本扭转。值得注意的是，如果不将乡村医生的补偿政策与基本药物制度同步进行，那么，随着基本药物制度的实施，乡村医生将会失去必要的生活来源，村卫生室将会面临倒闭的危险。
中共中央宣传部理论局于2010年6月编写出版的《七个“怎么看”——理论热点面对面2010》一书，在“怎样让群众看病更便捷?”一节中有两个提法与原来的提法对比，发生了积极改变：一是对村卫生室建设的提法发生了明显改变——由原来的“每一个行政村都要有一个卫生室”变成了“每一个行政村都要有一所政府举办的卫生室”;二是对乡村一体化管理的提法发生了明显改变——由原来的“鼓励有条件的地方实行乡村一体化管理”变成了“积极推进乡村一体化管理”。希望历史遗留的农村卫生体制机制矛盾逐步理顺，使我国农村卫生改革越来越符合科学发展观的要求。